# 🧪 DOXA · 科研工具与写作规范手册

> 版本:v0.1 草案(2026-08-11 Riemann × Hermes)
> 定位:平台基础设施——「论文写作规范」的第一份落地文档,覆盖**写作规范 + 科研工具链 + 数学公式展示**三大块。
> 待确认落点:草案在本地,审阅通过后沉淀进 DOXA `docs/` 并考虑上版面。

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# 第一部分 · 论文写作规范

## 1.1 论文结构(IMRaD 及其变体)

| 部分 | 功能 | 要点 |
|------|------|------|
| **标题** | 第一印象 + 检索入口 | 准确、简洁、含核心关键词;必要时加副标题限定范围 |
| **作者/单位** | 署名责任 | 谁做了贡献谁署名;通讯作者标注 |
| **摘要** | 全文浓缩 | 结构化四要素:**目的 → 方法 → 结果 → 结论**;中文 150–300 字 / 英文 200–400 词;独立可读(不引用图表) |
| **关键词** | 检索 | 3–6 个,从标题和摘要中提取 |
| **引言** | 为什么做 | 漏斗结构:**背景(大图景)→ 缺口(已知什么、缺什么)→ 问题(本文解决什么)→ 贡献(有何不同)** |
| **方法** | 怎么做 | **可复现为王**:材料、步骤、参数、环境,写到别人能照做 |
| **结果** | 发现了什么 | 图表优先,文字只做引导和关键数值强调;不解释 |
| **讨论** | 意味着什么 | 结果解释 → 与已有工作对比 → 局限 → 结论/展望 |
| **参考文献** | 诚信基础 | 引必可查,查必有 DOI |
| **补充材料** | 放不下的一切 | 数据、代码、长表格、视频 |

> 变体:数学/理论类论文常用「定义-定理-证明」结构;综述用「主题分层」结构。平台默认支持 IMRaD,其他结构在投稿时声明即可。

## 1.2 格式规范

- **标题层级**:正文最多 4 级(1 → 1.1 → 1.1.1),编号与目录一致。
- **图表**:编号连续(图 1、表 1);**图题在图下方,表题在表上方**;图表自明(不读正文也能懂);文中必须先引出再出现("如图 1 所示")。
- **公式**:单独成行居中,**编号右对齐 `(1)(2)`**,正文用「式(1)」引用;变量用斜体,向量/矩阵用粗体;符号首次出现给定义。
- **单位与符号**:统一 SI 单位制;数值与单位间留空格(25 °C,不是 25°C)。
- **术语**:首次出现给全称+缩写(如「大型语言模型(LLM, Large Language Model)」),后文统一用缩写。
- **标点**:中文论文用全角标点,英文用半角;中英文混排时数字/英文与中文间留空格。
- **一致性**:一个概念全文只用一个词(别「模型/系统/框架」混用指同一物)。

## 1.3 引用与参考文献规则

**两套主流引用系统**(投稿时按目标期刊/平台要求选一套,全文统一):

| 系统 | 正文写法 | 参考文献表 | 适用 |
|------|----------|-----------|------|
| **顺序编码制**(GB/T 7714–2015 / Vancouver) | `[1]`、`[2,5]` | 按正文出现顺序编号 | 中文期刊、生物医学、DOXA 默认推荐 |
| **作者-年份制**(APA 7 / GB/T 7714 著者-出版年) | `(张三, 2024)` | 按作者字母序 | 社科、教育、心理学 |

**硬性规则**:
1. **每条引用必须可核验**:优先给 DOI;无 DOI 给稳定 URL + 访问日期。
2. **引用即验证**:AI 辅助写作时代,引用幻觉(编造不存在的文献)是头号风险——所有引文必须过一遍验证工具(见 2.4 节 refchecker)。
3. **二次引用要谨慎**:引「别人引用的文献」时标注转引来源。
4. **参考文献格式示例**(GB/T 7714 顺序编码制):
   - 期刊:`作者. 题名[J]. 刊名, 年, 卷(期): 页码. DOI`
   - 专著:`作者. 书名[M]. 版本. 出版地: 出版社, 年: 页码.`
   - 网页:`作者. 题名[EB/OL]. (发布日期)[引用日期]. URL.`

## 1.4 可复现声明(平台强制)

DOXA 定位「强制可复现」,每篇论文必须附:

- **数据可用性声明**:数据在哪、如何获取(开源仓库 / Zenodo DOI / 附录)。
- **代码可用性声明**:代码仓库地址 + 版本 tag。
- **环境锁定**:Python 用 `requirements.txt`/`uv.lock`、R 用 `renv`、Docker 用镜像 tag——锁定到能原样重跑。
- **随机种子**:涉及随机性(采样、训练、模拟)必须写明 seed,最好给种子表。
- **复现步骤**:README 式「从零复现」三步内说清。

## 1.5 投稿前检查清单

```
□ 标题 ≤ 20 字且含关键词           □ 摘要四要素齐全、独立可读
□ 关键词 3–6 个                     □ 引言含「缺口 + 本文贡献」
□ 方法细节到可复现                  □ 图题在下、表题在上、编号连续
□ 公式编号右对齐、正文有引用        □ 单位统一 SI
□ 全文术语一致                      □ 每条引用可核验(DOI/URL)
□ 可复现声明齐(数据/代码/环境/种子) □ 利益冲突 + 资助声明
□ AI 使用声明(见 1.6)               □ 通读一遍:结论先行、无流水账
```

## 1.6 AI 辅助写作规范(两轨制的配套)

| 环节 | AI 可做 | AI 不可做 |
|------|---------|-----------|
| 选题/框架 | 生成结构草案、文献梳理 | 替作者定核心观点 |
| 写作 | 润色、翻译、压缩、扩写草稿 | 代写核心论证(须作者本人完成并负责) |
| 数据 | 写代码分析数据 | **伪造/篡改数据或图表** |
| 引用 | 查找候选文献 | **未经验证直接采信**(幻觉引用重灾区) |
| 审校 | 检查格式、一致性、错别字 | 替代同行评审判断 |

**红线**:使用 AI 生成的内容必须声明(平台投稿时勾选「AI 参与环节」);AI 写的论文走「AI 轨」并标注,人写论文保证平台「一定比例的人类论文」不被淹没。

## 1.7 DOXA 平台三态标签

论文发布后由 AI 初筛 + 读者反馈打标:

| 标签 | 含义 | 触发 |
|------|------|------|
| ✅ **已验证** | 完整性/可复现性/逻辑自洽通过 | AI 初筛全过 + 复现成功 |
| ⚠️ **存疑** | 部分环节无法核验或前后矛盾 | 初筛发现疑点,等待作者回应 |
| ❌ **未复现** | 按论文步骤无法复现结果 | 复现失败,附复现报告 |

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# 第二部分 · 科研工具链(按工作流)

## 2.1 写作编排

| 工具 | 类型 | 适用场景 | 备注 |
|------|------|----------|------|
| **Overleaf** | 在线 LaTeX | 正式论文、期刊投稿、多人协作 | 内置期刊模板库,浏览器即用 |
| **Typst** | 本地/在线 | 个人草稿、排版精美、编译快 | 2026 势头强,但**期刊模板支持仍有限**,投稿前要转 LaTeX |
| **Markdown + Pandoc** | 转换枢纽 | 草稿期、DOXA 内容生产 | 一份 md 可转 docx/pdf/html/tex |
| **Typora / Obsidian** | 本地 MD | 笔记、长文写作 | Obsidian 的图谱适合学习材料 |
| **Word / WPS** | 所见即所得 | 中文期刊投稿、给非技术读者 | 多数中文期刊投稿系统只认 Word |

> DOXA 内容生产线建议:**Markdown 起草(版本可控)→ Pandoc 出最终格式**;正式学术论文走 Overleaf/LaTeX。

## 2.2 数学公式(详见第三部分)

| 场景 | 首选 | 备选 |
|------|------|------|
| LaTeX 文档 | LaTeX 原生语法 | — |
| **网页展示** | **KaTeX**(快) / MathJax(全) | DOXA 已部署 MathJax 3(tex-svg) |
| Typst 文档 | Typst 公式语法 | — |
| 截图转公式 | Mathpix / SimpleTex | 开源:LaTeX-OCR(pix2tex) |
| 手写公式 | MyScript Math | — |
| 公式绘图 | TikZ / GeoGebra / Desmos | — |

## 2.3 文献管理

| 工具 | 许可 | 特点 |
|------|------|------|
| **Zotero 7** | 开源免费 | 首选。浏览器插件一键抓取、PDF 全文检索、CSL 自动生成任意引用格式、团队协作 |
| EndNote | 付费 | 老牌,期刊格式库全,但闭源 |
| JabRef | 开源免费 | BibTeX 原生,LaTeX 用户友好 |
| doi2bib / doi.org | 免费 | 有 DOI 就能生成 BibTeX 条目 |

## 2.4 引用验证(防幻觉引用)

| 工具 | 用途 | 备注 |
|------|------|------|
| **refchecker** | 批量验证参考文献真实性(DOI/标题/作者) | DOXA `resources.md` 已登记;需 API key |
| DOI 直查(doi.org) | 单条快速验证 | 查不到 = 高度可疑 |
| 数据库核对(Crossref API) | 程序化验证 | 免费 API,可集成进 AI 初筛 |

> **AI 初筛原型(毕业项目)的第一刀就切这里**:输入参考文献表 → 自动验证每条真实存在 + 提取元数据。

## 2.5 图表与可视化

| 用途 | 工具 |
|------|------|
| 数据图(统计) | matplotlib / seaborn / Plotly(交互) / R ggplot2 |
| 示意图/架构图 | draw.io、Excalidraw、TikZ |
| 数学可视化 | GeoGebra、Desmos、3B1B 的 manim |
| 时间线(编年史) | **TimelineJS3**(DOXA 已选定) |
| 图表规范 | 图题编号、坐标轴标注单位、颜色考虑色盲友好 |

## 2.6 可复现环境

| 需求 | 工具 | 要点 |
|------|------|------|
| 版本控制 | git(+ 远程仓库) | 每稿一 commit,论文与代码同仓 |
| 环境锁定 | `uv` / conda / `requirements.txt` / Docker | 锁到能原样重跑 |
| 数据归档 | Zenodo / OSF | 归档即得 DOI,一石二鸟 |
| 实验管理 | 随机种子表 + 结果日志 | 每个实验一行:seed/参数/结果 |

## 2.7 AI 辅助工具

- 写作助手:LLM 润色/翻译/扩写(DeepSeek-V4-Flash 已是主力)。
- 引用验证:refchecker / Crossref API(见 2.4)。
- 格式转换:Pandoc 一键多格式。
- 反 AI 味:文学院已有「反 AI 味」方法论,AI 轨内容必过。

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# 第三部分 · 数学公式展示专项

## 3.1 公式渲染引擎对比(网页场景)

| 引擎 | 速度 | 覆盖度 | 依赖 | 适用 |
|------|------|--------|------|------|
| **KaTeX** | ⚡ 极快 | ~90% LaTeX 语法 | 轻量,可自托管 | 内容多、性能敏感(题库/教程站) |
| **MathJax 3** | 中 | ~99% 全支持 | 较重,tex-svg 可自托管 | 复杂公式、学术文档完整性优先 |
| 服务端渲染 | — | — | — | 预渲染成 SVG/图片,零 JS 依赖 |

> **DOXA 现状**:已部署 MathJax 3 自托管 `tex-svg.js`(无外部 CDN),`$` 行内 / `$$` 块级 / `\[ \]` 均支持——**数学院难题页已在用**。若未来题库量级上来、首屏变慢,再评估 KaTeX 或预渲染。

## 3.2 公式书写规范

- 行内公式用 `$...$`;独立公式用 `$$...$$` 或 `\[...\]`,并编号。
- 变量斜体、向量粗体、函数名正体(`\sin`、`\log`)。
- 分数/根号用 `\frac{}{}`、`\sqrt{}`;多行推导用 `\begin{aligned}` 对齐。
- 常用:希腊字母 `\alpha \beta \gamma`、求和 `\sum_{i=1}^{n}`、极限 `\lim_{x \to 0}`。
- 截图转 LaTeX:Mathpix(商业,准确率高)/ LaTeX-OCR(开源本地)。

## 3.3 公式在各类文档中的落地

| 文档类型 | 方案 |
|----------|------|
| DOXA 网页(HTML) | MathJax 3 tex-svg(已有) |
| LaTeX 论文 | 原生语法 + `\label`/`\ref` 交叉引用 |
| Markdown 笔记 | `$...$`(Typora/Obsidian 原生渲染) |
| 幻灯片 | LaTeX beamer / Typst / PPT 公式编辑器 |
| 导出 PDF | Pandoc + MathJax 或 LaTeX 引擎 |

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# 第四部分 · DOXA 落地建议(待确认)

| 项 | 建议 | 状态 |
|----|------|------|
| 文档沉淀 | 落 `docs/standards/writing-standards.md`(新目录),链接进项目 README 与学院体系 | ⏳ 待确认 |
| 论文模板 | 基于 1.1–1.5 生成三件套:Markdown 模板 / LaTeX 模板 / Word 模板,各带检查清单注释 | ⏳ 待确认 |
| 检查清单工具化 | 投稿前清单做成可勾选页面(`app/` 版面),AI 轨自动预检 | ⏳ 待确认 |
| 引用验证接入 | refchecker 集成进投稿流程,为「AI 初筛原型」铺路 | ⏳ 待确认 |
| 科学院内容联动 | 「证据方法」线(候选学习路径)可直接引用本文 1.4/1.7 作为素材 | ⏳ 待确认 |

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*草案完 · 待 Riemann 审阅后确定落点与模板产出*